Comerio è situato a nord del lago di Varese, ai piedi del massiccio del Campo dei Fiori. La sua altitudine, compresa tra i 300 e i 1164 metri, lo pone in posizione privilegiata, con la visione stupenda dei laghi di Varese, Comabbio, Monate, Maggiore, delle colline moreniche delle Prealpi piemontesi e della catena delle Alpi, da cui si ergono a meridione il Monviso e ad occidente il Rosa. Nelle giornate più ventose e luminose le vette si stagliano maestose sullo sfondo del cielo.
In Automobile:
Comerio è facilmente raggiungibile in automobile, tramite l’autostrada (A8 dei Laghi direzione Varese). Prendere l’uscita per Varese Ovest – Buguggiate e seguire la SP1 per circa 13 km.
Arrivati in prossimità del paese, salire sulla collina seguendo le direzioni ben segnalate.
In Treno:
Il paese è servito dalla rete ferroviaria delle Ferrovie Lombarde – FNM. La stazione è Barasso-Comerio e in poco meno di un’ora si può arrivare in centro Milano, alla stazione Cadorna.